Europaligaen i fotball for menn 2009/10 er den 39. utgaven av denne europeiske fotballturnering som er arrangert av UEFA. Det er den første sesongen hvor turneringen heter Europaligaen, og tidligere navnet har vært UEFA-cupen. Turneringen foregår i perioden 2. juli 2009 – 12. mai 2010.
I første kvalifiseringsrunde deltok 14 sølvmedaljevinnere fra de nasjonale ligaene som var rangert fra 37-51 (unntatt Liechtenstein), 29 bronsemedaljevinnere fra de nasjonale ligaene som var rangert fra 22-51 (unntatt Liechtenstein) og tre lag deltok på grunn av Fair Play-priser. Det var totalt 46 lag, og de 23 vinnerne over to kamper avanserte til andre kvalifiseringsrunde. Kampene ble trukket 22. juni og spilt 2. juli og 9. juli.
I andre kvalifiseringsrunde deltok de 23 vinnerne fra første kvalifiseringrunde, 24 cupvinnere fra de nasjonale ligaene som var rangert fra 30-53, 18 sølvmedaljevinnere fra de nasjonale ligaene som var rangert fra 19-36, 6 bronsemedaljevinnere fra de nasjonale ligaene som var rangert fra 16-21, 6 fjerdeplasslag fra de nasjonale ligaene som var rangert fra 10-15 og 3 femteplasslag fra de nasjonale ligaene som var rangert fra 7-9. Det var totalt 80 lag, og de 40 vinnerne over to kamper avanserte til tredje kvalifiseringrunde. Kampene ble trukket 22. juni og spilt 14.-16. juli og 23. juli.
I tredje kvalifiseringsrunde deltok de 40 vinnerne fra andre kvalifiseringsrunde, 12 cupvinnere fra de nasjonale ligaene som var rangert fra 18-29, 3 sølvmedaljevinnere fra de nasjonale ligaene som var rangert fra 16-18, 6 bronsemedaljevinnere fra de nasjonale ligaene som var rangert fra 10-15, 3 fjerdeplasslag fra de nasjonale ligaene som var rangert fra 7-9, 3 femteplasslag fra de nasjonale ligaene som var rangert fra 4-6 og 3 sjetteplasslag fra de nasjonale ligaene som var rangert fra 1-3. Det var totalt 70 lag, og de 35 vinnerne over to kamper avanserte til playoffrunden. Kampene ble trukket 17. juli og spilt 28.-30. juli og 4.-6. august.
I playoffrunden deltok de 35 vinnerne fra tredje kvalifiseringsrunde, 17 cupvinnere fra de nasjonale ligaene som var rangert fra 1-17, 3 bronsemedaljevinnere fra de nasjonale ligaene som var rangert fra 7-9, 3 fjerdeplasslag fra de nasjonale ligaene som var rangert fra 4-6, 3 femteplasslag fra de nasjonale ligaene som var rangert fra 1-3 og de 15 tapende lagene fra mesterligaens tredje kvalifiseringrunde. Det var totalt 76 lag, og de 38 vinnerne over to kamper avanserte til gruppespillet. Kampene ble trukket 7. august og spilt 20. august og 27. august.
I gruppespillet deltokt de 38 vinnerne fra playoffrunden og de 10 tapende lagene fra mesterligaens playoffrunde. Det var dermed 48 lag og 12 grupper med fire lag i hver. Hvert lag spilte seks kamper, og gruppene ble trukket 28. august. Totalt var det 12 kamper fordelt på seks kampdager, med to kamper som ble spilt hver dag. Kampdagene var 17. september, 1. oktober, 22. oktober, 5. november, 2.-3. desember og 16.-17. desember. De to beste fra hver gruppe gikk videre til 16-delsfinalene.