UEFA-cupen 2008/2009 ble den 38. og siste utgaven av den europeiske fotballturneringen UEFA-cupen. Året etter ble turneringen erstattet av Europaligaen. Kvalifiseringen til turneringen startet 17. juli 2008, og selve turneringen fant sted fra 18. september 2008 til 20. mai 2009. Finalen ble spilt 20. mai 2009 på Fenerbahçe Şükrü Saracoğlu Stadyumu i Istanbul i Tyrkia, hvor Shakhtar Donetsk vant over Werder Bremen.
Totalt 157 lag fra UEFAs 53 medlemsforbund deltok i turneringen. Hvert forbund fikk sende et bestemt antall lag til turneringen, til sammen 119 lag. Antallet lag hvert forbund kunne sende ble bestemt av rangeringen til forbundets liga. Fotballforbund med bedre rangerte ligaer fikk sende flere lag enn fotballforbund med dårligere rangerte ligaer. Imidlertid fantes det en regel som bestemte at hvert forbund ikke fikk sende flere enn 4 lag, i tillegg til at hvert forbund fikk sende minst et lag. 35 lag kvalifiserte seg gjennom UEFA Intertoto Cup (8 vinnere) og Mesterligaen (16 lag som tapte tredje kvalifiseringsrunde i Mesterligaen og 11 lag som kom på tredjeplass i de innledende gruppene i samme turnering), og tre lag kvalifiserte seg gjennom UEFA Fair Play league. Til sammen endte man dermed opp med 157 lag.