Klubben ble stiftet 28. oktober1993 etter at klubbene Haugar og Djerv 1919 slo sammen sine elitelag med målsetting om å skape et stabilt eliteserielag. Lagene i aldersbestemte klasser og for damer inngikk ikke i fusjonen. Også fotballklubben Vard Haugesund var aktuell til å delta i fusjonen, men generalforsamlingen i klubben valgte å stå utenfor. Høsten 2005 ble imidlertid samtalene om å innlemme Vard gjenopptatt, og siden sesongen 2007 har Vard fylt rollen som farmerlag for FK Haugesund.
I sin første sesong i divisjonssystemet, 1994, vant FK Haugesund sin 2. divisjonsavdeling. De to neste sesongene spilte laget i 1. divisjon, før klubben debuterte i Tippeligaen i 1997. FK Haugesund berget plassen i 1997, men i 1998 fikk laget sin første sportslige nedtur da de rykket ned til 1. divisjon. Laget rykket rett opp igjen året etter, men det ble med ett år i den øverste divisjonen.
I 2004 rykket FK Haugesund ned fra 1. divisjon, og laget tilbrakte dermed sesongen 2005 i 2. divisjon. FK Haugesund rykket imidlertid rett opp igjen etter å ha blitt det beste laget som kunne rykke opp fra 2. divisjon, avdeling 3. Sesongene 2006–2009 spilte klubben i Adeccoligaen. Sesongen 2009 endte med opprykk, og laget har fra 2010-sesongen spilt i Tippeligaen. I slutten av 2009 valgte klubben av økonomiske årsaker å starte et eget aksjeselskap.[1][2] Etter opprykket har laget levert blandede resultater. De første årene havnet laget midt på tabellen: To sjetteplasser i 2010- og 2011-sesongen ble fulgt av en syvendeplass 2012. I 2013-sesongen kom lagets foreløpig beste plassering, med tredjeplass. Etter bronsen har resultatene vært dårligere, med 11.- og 12.-plass de to påfølgende årene, før det ble en opptur i 2016 med 4-plass.
Klubbens beste prestasjon i cupen kom i 2007 da klubben tok seg helt til finalen. I finalen på Ullevaal Stadion11. november 2007 ble imidlertid Lillestrøm for sterke, og FK Haugesund tapte 2–0 etter to mål av Olivier Occean. På sin vei til finalen slo laget ut blant annet Nybergsund i kvartfinalen og Odd Grenland i semifinalen. Dette var for øvrig femte gangen et lag fra Haugesund spilte en finale i cupen – tidligere har byen vært representert av Haugar (1961, 1979) og Vard Haugesund (1962, 1975). Også alle de fire foregående finalene har endt med tap for haugesunderne.
I 2017 deltar FK Haugesund i E-cup kvalifisering og har kommet til andre kvalifiseringsrunde.
Leiv Helge Kaldheim
Håvard Nordtveit
Nikola Đurđić
Bala Garba
Anders Blomquist
