Klubben spilte i en årrekke i 2. divisjon, men det nærmeste det har vært spill på høyere nivå, var da det tapte 2–3 for Djerv 1919 i kvalifisering til Hovedserien.
Klubben rykket etter hvert ned og slet i 3. divisjon. I 2007 stilte laget felles lag med Kvinesdal Idrettslag fra Kvinesdal. 18. september2007 besluttet styrene til de to klubbene å slå seg sammen og danne Lister FK.[2] Den sammeslåtte klubben ble lagt ned i februar 2011.[3]
Flekkefjord Fotballklubb pleier hvert eneste år å arrangere fotballturneringen «Agder-Cup» som er en av de mest populære turneringene på Sørlandet.