I utgangspunktet er IL Sparta en tradisjonsrik fotballklubb med flere år i toppserien, og et cupgull i fra 1952 som høydepunkt. Historisk har de allikevel vært lillebror i Sarpsborg-fotballen, bak aristokraten Sarpsborg Fotballklubb som har en rekke cupgull, i tillegg til gode prestasjoner i serien. Dagens situasjon for fotballen i den tradisjonsrike Østfoldbyen må derimot forstås på bakgrunn av de senere års hendelser.
I 1999 startet 16 klubber i Sarpsborgdistriktet et samarbeid der målet var å skaffe et best mulig fotballag for distriktet. Den første sesongen (2000) for den nye samarbeidsklubben Sarpsborg Fotball, hvis utgangspunkt var Sarpsborg Fotballklubb, ble en nedtur med nedrykk fra andre til tredje divisjon. Dette resulterte i at flere klubber, deriblant SFK og Sparta, trakk seg fra samarbeidet. De gjenværende klubbene dannet en ny klubb kalt Fotballforeningen Sarpsborg, senere Borg Fotball, og rykket opp til andre divisjon i 2002. Klubben rykket riktignok ned igjen året etter, og da Sparta, som nå på ny blei en del av fotballsamarbeidet igjen, gikk motsatt vei. Fk Sparta Sarpsborg betalte ut Borg fotballs gjeld slik at de unngikk konkurs, de kunne da brukes som et B-lag i 3 divisjon under navnet til FK Sparta Sarpsborg. I 2004 ble de nummer to, bak FK Tønsberg, i 2. divisjon, mens de i 2005 rykket opp etter å ha vunnet 15-0 mot Fram Larvik i siste serierunde. På tross av at de ble trukket 2 poeng på grunn av rot med spillergodkjennelse, berget Sparta plassen i Adeccoligaen med en 10.-plass i 2006.
Høsten 2007 havnet man under nedrykksstreken, men berget plassen da Raufoss Fotball mistet sin lisens. Samme høst gikk Sarpsborg FK igjen med i samarbeidsklubben og alle de viktige klubbene i distriktet stod samlet. Fotballklubben Sparta Sarpsborg overlot dermed sin plass i 1. divisjon til den nye samarbeidsklubben Sarpsborg 08 Fotballforening.
FK Sparta Sarpsborg fremstår i dag som en breddeklubb.
