Rittet startet med en tempoetappe i Monaco. Løypa gikk delvis på den kjente bilbanen Circuit de Monaco i Monte Carlo. Neste etappe startet også i Monaco. Det var sjette gang Tour de France besøkte Monaco, forrige gang var i 1964.
I tillegg til Monaco, gikk rittet innom Spania, Andorra, Sveits og Italia (på 16. etappe). Samlet var rittet 3445 kilometer, inkludert 93 km fordelt på to individuelle tempoetapper og en lagtempo. Det var første gang siden 2005 at det sto lagtempo på programmet. Det var syv fjelletapper, tre av dem med målgang på toppen. For første gang i historien skulle rittet avgjøres på den nest siste etappen med målgang på et fjell, Mont Ventoux.
I juni godtok UCI arrangørenes forslag om at to av etappene (den 10. og den 13.) skulle kjøres uten radiokommunikasjon mellom rytterne og sportsdirektørene.[1] Begrunnelsen var at etappene blir forutsigbare når rytterne blir "fjernstyrt" fra bilene. De aller fleste lagene var mot dette av hensyn til rytternes sikkerhet og leverte skriftlig protest 12. juli.[2] Den 10. etappen ble kjørt uten radio, men forbudet ble opphevet for den 13. etappen.[3]
1. juli: Thomas Dekker (SIL) ble sendt hjem etter å ha testet positivt for EPO. En prøve fra 2007 ble testet på nytt grunnet uregelmessigheter i blodverdiene basert på prøver tatt til Dekkers biologiske pass. Dermed fikk Thomas Dekker aldri startet 2009 utgaven av Tour de France.[4]
31. juli: Mikel Astarloza (EUS) testet positivt for EPO på en prøve tatt utenfor konkurranse den 26. juni. Vinneren av den 16. etappen er nå midlertidig suspendert i påvente av at B-prøven analyseres.[5]