SARS-CoV-2 Omikron-varianten

Fra Wikipedia, den frie encyklopedi
Hopp til navigering Hopp til søk
Kumulative bekreftede funn av Omikron-varianten etter land og territorerMal:Legend-col

SARS-CoV-2 Omikron-varianten (også kjent som lineage B.1.1.529, GISAID-identifikator GR/484A, og Nextstrain-identifikator 21K[1]) er en av variantene av SARS-CoV-2, viruset som forårsaker covid-19. Den ble rapportert av Verdens Helseorganisasjon (WHO) fra Sør-Afrika den 24. november 2021.

Navngivning[rediger | rediger kilde]

Den 26. november 2021 designerte WHOs Technical Advisory Group on SARS-CoV-2 Virus Evolution B.1.1.529 som en Variant of Concern og WHO gav det navnet Omikron.[2]

Man hoppet over den greske bokstaven Ny[3][4], likeledes ble Ksi (Xi) hoppet over, uten at noen ny variant ble assignert til disse bokstavene. Den greske bokstaven O/o transkriberes, uttales og ser ut som det latinske alfabetets O; gresk Ν/ν transkriberes enten ny eller nu, gresk Ξ/ξ transkriberes enten ksi eller xi - det siste slik den kinesiske president 习近平 - Xi Jinpings slektsnavn romaniseres i pinyin-systemet.

Historie og spredning[rediger | rediger kilde]

Det første kjente specimen ble hentet inn den 9. november 2021 fra Botswana.[5] Den ble også oppdaget i Sør-Afrika;[6] ett tilfelle hadde reist til Hongkong,[7][8] ett bekreftet tilfelle var identifisert i Israel hos en reisende som var returnert fra Malawi,[9] sammen med to som hadde returnert fra Sør-Afrika og én fra Madagaskar.[10] Et bekreftet tilfelle i Belgia syntes på ha blitt smittet i Egypt før den 11. november.[11] Innen 3 uker var viruset oppdaget i 87 land. [12]

Flere land innførte innreiseforbud for ankommende fra det sørlige Afrika: Dette er blitt gjort av Japan, Den europeiske union, Israel, Storbritannia, og USA.[13]

Omikron spredte seg også blant vaksinerte, og i Storbritannia var det effektive reproduksjonstallet for omikron-varianten 3,47 tidlig i desember, mens delta-varianten hadde mindre enn 1. [14] I Sør-Afrika var det effektive reproduksjonstallet nasjonalt 2,55 mens det i Guateng-regionen var over 3.[15] Omikron variantens evne til å smitte vaksinerte eller tidligere smittede med andre varianter har ført til rask spredning også grupper med høy immunitet mot de tidligere variantene. [12]

Et spørsmål som er vel så viktig som geografien, er hvordan omikron kan ha oppstått. En artikkel publisert i desember 2021 i Science[16] observerte at omikron ikke utviklet seg fra noen av de andre notable covid-varianter per 2021, men fra et egen «løype» som skilte seg ut fra hovedfeltet en gang i midten av år 2020. Dette er senere blitt generelt akseptert; men hvordan det kunne være mulig at en slik egen utviklingslinje kunne ha gått ubemerket til inn i november 2021, var uklart. Det ble i Science drøftet tre muligheter:

  1. Viruset kan ha sirkulert og utviklet seg i en befolkning som var lite påaktet - kanskje også isolert boende - og med lite sekvensering av smittefunn.
  2. Viruset kan ha utviklet seg over lang tid i en enkeltperson, som en pasient med kronisk covid-19, og eventuelt med andre sykdommer.
  3. Viruset kan ha utviklet seg i ikke-menneskelige arter, og så til slutt atter funnet veien tilbake til mennesker. Denne siste hypotesen fant noe støtte ved en forskningsrapport (pre-print-publisert) av 24. desember 2021 som ut fra analyser pekte på mus.[17]

Alle disse tre hypoteser har til felles at de ikke dermed bygger opp om det dreier seg om den forventede gradvise svekking av et virus' farlighetsgrad over tid - som gjest fra fortiden er den ikke en utvikling fra virusene fra den mer umiddelbare fortid.

Mutasjoner og epidemiologi[rediger | rediger kilde]

Varianten har et høyt antall mutasjoner, hvorav noen vekker særlig bekymring. Antallet funn i lineage B.1.1.529 er stigende i deler av Sør-Afrika, for det meste i provinsen Gauteng.[18] Noen observasjoner viser at denne varianten innebærer en høyere risiko for reinfeksjon. Studier er under utarbeidelse for å evaluere mer presist hvordan viruset befinner seg med hensyn til smittsomhet, mortalitet og annet. Gransking pågår, også om vaksinenes effektivitet overfor varianten.[19][20]

Tidlige undersøkelser tyder på at virusvarianten har forhøyet risiko for reinfeksjon, som vil si at tidligere koronasmittede kan bli smittet på nytt.

Omikron-variantens mutasjoner

Varianten karakteriseres av 30 aminosyreendringer, tre små delesjoner og én liten innsetting i piggproteinet sammenlignet med det opprinnelige viruset, hvorav 15 er å finne i det reseptorbindende domene (residues 319-541). Det er også en rekke endringer og delesoner i andre genomiske regioner. Varianten har tre mutasjoner i furinspaltestedet (furin cleavage site).[21] Furinspaltestedet forøker SARS-CoV-2-virusets infektivitet (smitteevne).[22] Organisert etter genomisk region er mutasjonene de følgende:[23][24]

  • Piggprotein: A67V, Δ69-70, T95I, G142D, Δ143-145, Δ211, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F
  • ORF1ab
    • nsp3: K38R, V1069I, Δ1265, L1266I, A1892T
    • nsp4: T492I
    • nsp5: P132H
    • nsp6: Δ105-107, A189V
    • nsp12: P323L
    • nsp14: I42V
  • Envelope protein: T9I
  • Membrane protein: D3G, Q19E, A63T
  • Nucleocapsid protein: P13L, Δ31-33, R203K, G204R

Subvarianter 2021–2022[rediger | rediger kilde]

På tampen av i 2021 fremstod det flere subvarianter av omikron som - trass omtrent uendet sykdomsforløpsprognose for de smittede - var bekymringsverdige fordi de spredte seg lettere (var mer smittsomme) og kunne i større grad omgå menneskers immunforsvar, også fullvaksinertes eller tidligere smittedes. Dersom tiden siden siste vaksinering var lang, steg risikoen.

Tidlig i mai 2022 tilkom varsko om omikronvariantene BA.4 og BA.5, som ble identifisert i Sør-Afrika, et av de få land som fortsatt sekvenserte store antall positive covid-19-tester. Siste på listen er Omicron-undervariantene BA.4 og BA.5, som nylig ble identifisert i Sør-Afrika, et av få land som fortsatt sekvenserer et stort antall covid-19-tester. Sør-Afrika hadde sett en rask økning i positive tester for covid-19, og myndighetene mente at BA.4 og BA.5 var ansvarlige. National Institute of Clinical Diseases i Sør-Afrika rapporterte at BA.4 og BA.5 var «Omikron-virus med en ny kombinasjon av mutasjoner.» Forskere i landet oppdaget BA.4 første gang 10. januar 2022, og den har siden spredt seg over hele Sør-Afrika, og utgjorde i mai nå 35 % av de positive testene. omikron subvariant BA.5 ble identifisert 25. februar, og utgjorde i mai 20 % av tilfellene i flere sørafrikanske regioner.

Begge undervariantene ligner på omikron BA.2, som siden senhøstes 2021 var blitt dominerende i Storbritannia, det kontinentale Europa og i USA. BA.3 har hatt sin styrke i Østasia.

Omikron-subvarientene BA.4 og BA.5 har identiske mutasjoner på piggproteinet – den delen av viruset som fester seg til reseptorer på menneskeceller – som skiller dem fra BA.2. Hver subvariant har sine egne forskjellige mutasjoner i andre områder av viruset. BA.4 er blitt erklært som en Variant of Concern i Storbritannia, og i midten av mai ble det funnet tilfeller i Vietnam og ved innreisetesting på Filippinene.

Prevensjon[rediger | rediger kilde]

WHO anbefalte at folk burde fortsette med å lufte godt i trange rom, unngå sammenstimlinger og tett kontakt, bære masker som passer godt, vaske hendene hyppig, og la seg vaksinere.[19][2]

Referanser[rediger | rediger kilde]

  1. ^ «Tracking SARS-CoV-2 variants» (engelsk). Besøkt 27. november 2021. 
  2. ^ a b «Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern». 26. november 2021. Besøkt 26. november 2021. 
  3. ^ Parekh, Marcus; Platt, Poppie; Team, Global Health Security; Barnes, Joe (26. november 2021). «Coronavirus latest news: EU suspends all flights to southern Africa over omicron Covid variant fears». The Telegraph (engelsk). ISSN 0307-1235. 
  4. ^ Meyer, David (16. november 2021). «What's Omicron? Here's what we know and don't know about the new COVID variant that's roiling markets and air travel» (engelsk). Besøkt 26. november 2021. 
  5. ^ Callaway, Ewen (25. november 2021). «Heavily mutated coronavirus variant puts scientists on alert». Nature. doi:10.1038/d41586-021-03552-w. 
  6. ^ «outbreak.info» (engelsk). Besøkt 26. november 2021. 
  7. ^ Covid: New heavily mutated variant B.1.1.529 in South Africa raises concern, 25. november 2021, BBC News, lest 25. november 2021
  8. ^ Tracking SARS-CoV-2 variants (Tables: Currently designated Variants Under Monitoring -describes 529 variant as present in 'Multiple countries'- and 'Formerly monitored variants'- B.1.523 & B.1.619 Reclassified Nov 2021). www.who.int, lest 25. november 2021
  9. ^ BNODesk (26. november 2021). «Statement from Israel's health ministry reporting 1 confirmed case of new coronavirus variant B.1.1.529» (Tweet). Besøkt 26. november 2021. 
  10. ^ 14:30 4 מאומתים לווריאנט החדש התגלו בארץ, רה"מ יקיים מסיבת עיתונאים translated: "...Verified for the new strain 4 verified for the new variant were discovered in the country...", m.ynet.co.il, lest 26. november 2021
  11. ^ Reuters (26. november 2021). «Belgium detects first case of new COVID-19 variant in Europe». Reuters (engelsk). 
  12. ^ a b Raquel Viana m. flere (7. januar 2022). «Rapid epidemic expansion of the SARS-CoV-2 Omicron variant in southern Africa» (PDF). Nature.  linjeskift-tegn i |tittel= på plass 43 (hjelp)
  13. ^ Linskey, Annie (26. november 2021). «U.S. to restrict travel from South Africa and other countries as it assesses risks of new omicron variant». Besøkt 26. november 2021. 
  14. ^ «Omicron Covid variant more than three times as infectious as Delta, new analysis suggests». inews.co.uk (engelsk). 7. desember 2021. Besøkt 14. desember 2021. 
  15. ^ «Virus Reproduction Number In South Africa's Omicron Epicentre Is ‘Something We Have Never Seen’ - Health Policy Watch» (engelsk). Besøkt 14. desember 2021. 
  16. ^ «Where did 'weird' Omicron come from?» (engelsk). Besøkt 27. desember 2021. 
  17. ^ NIH: J Genet Genomics - Evidence for a mouse origin of the SARS-CoV-2 Omicron variant, 2021-12-24, lest 2022-91-13
  18. ^ Hurst, Luke (26. november 2021). «What we know so far about the B.1.1.529 'Omicron' COVID variant causing concern». Euronews. Besøkt 26. november 2021. 
  19. ^ a b Nebehay, Stephanie; Winning, Alexander (26. november 2021). «WHO names new COVID variant omicron, cautions against travel measures». Reuters. Besøkt 26. november 2021. 
  20. ^ Sample, Ian (24. november 2021). «Scientists warn of new Covid variant with high number of mutations». The Guardian. Besøkt 24. november 2021. 
  21. ^ Zimmer, Carl (26. november 2021). «New Virus Variant Stokes Concern but Vaccines Still Likely to Work». New York Times. 
  22. ^ Zhang, Liping; Mann, Matthew; Zulfeqhar, Syed; Reynolds, Hayley; Tian, E; Samara, Nadine; Zeldin, Darryl; Tabak, Lawrence (23. november 2021). «Furin cleavage of the SARS-CoV-2 spike is modulated by O-glycosylation». Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 118 (47): e2109905118. PMID 34732583. doi:10.1073/pnas.2109905118. 
  23. ^ «SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England, technical briefing 29» (PDF) (Briefing). 26. november 2021. GOV-10481. Besøkt 26. november 2021. 
  24. ^ «Implications of the emergence and spread of the SARS-CoV-2 B.1.1. 529 variant of concern (Omicron) for the EU/EEA» (PDF). Besøkt 26. november 2021.