Hovedserien 1958-59 var navnet på det øverste nivået i det norske seriesystemet i fotball som gikk fra juli 1958 til juni 1959. Hovedserien var delt opp i to avdelinger, med åtte lag hver. Fredrikstad vant gruppe A, og Lillestrøm gruppe B. Finalen gikk til omkamp, etter at lagene spilte uavgjort 2–2 etter ekstraomganger den 21. juni 1959. Lillestrøm vant omkampen 4–1 da den ble spilt 5. august.