Fløyas kvinnelag har vært med i norsk toppfotball siden begynnelsen. Riktignok greide ikke Fløya å kvalifisere seg til den øverste divisjonen i 1986, og startet i 1987 i 2. divisjon. De vant sin avdeling, men ble slått ut av Jardar IL i kvalifiseringen. I 1988 tapte de kvalifisering på målforskjell for Vard. I 1989 vant Fløya sin avdeling for tredje gang, og rykket opp til toppdivisjonen.
Debutsesongen 1990 ga nedrykk som nest dårligste lag. Etter direkte opprykk i 1992 berget de seg fra nedrykk åttende plass i 1993 på bekostning av Grand Bodø og Jardar. Neste sesong rykket Fløya ned etter tap for Haugar. Først i 1997 rykket Fløya opp igjen, men med bare 6 poeng ble det nedrykk igjen i 1998 selv om de satte tilskuerrekord. I 2000 var laget bare ett mål unna kvalifisering.
I sesongen 2009–10 var Trine Lise Andersen trener. De rykket ned til 1. divisjon i 2010. Peter Pedersen hoppet inn som trener senhøstes 2010, Trond Erling Jenssen var trener 2011, Elisabeth Wahlin 2012, Einar Hauglid 2013, Odd-Karl Stangnes 2014. Deretter var Roger Nilsen trener 2015–16, så de rykket ned til 2. divisjon. Etter opprykk til 1. var den tidligere Fløyaspiller Eline Torneus trener i 2017. Den tidligere Tromsø IL-spiller Mike McCabe ble ny trener i 2018.[1]