IBU ble stiftet 2. juli1993 og den direkte årsaken til stiftelsen var ønsket om utskillelse fra det gamle forbundet (UIPMB), som også inkluderte Moderne femkamp. Alle de nasjonale forbundene i skiskyting fulgte automatisk med til det nye forbundet. Den internasjonale olympiske komité anerkjente forbundet først i 1998.
Forbundets øverste organ, Kongressen, møtes hvert annet år og den første kongressen ble avholdt i Salzburg i 1994.