Klubbens høyeste plassering gjennom tidene er andreplass i gamle 3. divisjon (nivå 3) på 1980-tallet.
I 2006-sesongen var klubben sammen med bydelsklubben Innstranden Bodøs nest beste herre-seniorlag, med spill i 3. divisjon (nivå 4), men spiller i 2007 i 4. divisjon i Nordland Fotballkrets.
I 2010 vant Junkeren kretsmesterskapet i 4. divisjon og rykket dermed opp til den spissede versjonen av 3. divisjon foran 2011. Hovedstyret mente dog at laget ikke hadde ressurser nok til å spille i landets fjerde øverste nivå og søkte om fritakelse fra opprykk. Forbundet godtok ikke forespørselen og Junkeren måtte spille i 3. divisjon i 2011.[1]
I 2012 var situasjonen en helt annen enn året før. Junkeren satser hardt med Ola Haldorsen som hovedtrener. De gjorde ingen suksess i 3. divisjon i 2011, og endte opp på nedrykksposisjon. Men siden Landsås trakk seg fra sin 3. divisjonsplass ble det en plass ledig, og Junkeren tok denne.
Fra 2017 spillte A-laget i nye tredjedivisjon, Norsk Tipping-ligaen avdeling fem. En regionliga med lag fra Nord-Norge, Midt-Norge og Nordvestlandet. Junkeren avsluttet sesongen på en sterk fjerdeplass. I 2018 spiller Junkeren i avdeling seks, med lag fra henholdsvis Nord-Norge og Oslo-regionen.
Klubben hadde i sin storhetstid lag i eliteserien for damer,med spillere som Lene Rantala, Tonje Sagstuen og Suzana Zulijani.
Junkeren har et damelag som spiller i 2011/12 sesongen 2. divisjon (Nord-Norge) og har en rekke aldersbestemte lag for både jenter og gutter.
