Sammen med Malmö FF har klubben vært en av de dominerende på 2000-tallet. Begge klubbene måtte spille i Superettan i 2000, men rykket rett opp igjen, og året etter kom Djurgården på andreplass. I 2002, 2004, 2005 og 2018 vant de cupen, mens de vant Allsvenskan i 2002, 2003, 2005 og 2019. Djurgården er (2019) med sine åtte titler på 2000-tallet Sveriges mest suksessrike lag i løpet av denne perioden når det gjelder antall vunnet titler (før Malmö FF som har seks titler).