Bury ble stiftet på Old White Horse Hotel, Fleet Street, Bury den 24. april 1885. Klubben var med på å starte Lancaster League i 1889. I deres første år i The Football League vant de 2. divisjon og etter å ha slått Liverpool i den avgjørende kampen.
Dette var starten på den mest suksessrike tiden i Bury sin historie, og de ble værende i toppdivisjonen fram til 1912. Høydepunktene i denne perioden var imidlertid triumfene i FA-cupen, der de vant både i 1900 og 1903. Finaleseieren på 6–0 over Derby County er fortsatt den største seieren i denne turneringen.
Etter økonomiske problemer siden sommeren 2019, ble laget 28. august 2019 kastet ut av fotballigaen EFL og må spille sesongen 2020-21 i National League. De spilte i League One da dette skjedde, men hadde ikke stilt lag i noen av de seks første ligakampene eller cupkamper.[1][2] Klubben fikk heller ikke startrett i National League,[3] og supporterne har stiftet en ny fotballklubb Bury AFC. Denne spiller i regionale serier (North West Counties League), på nivå ni.
Fra 1885 til 2005 har Bury hatt seks engelske landslagsspillere. Til sammen har disse spilt 11 kamper, og scoret syv mål for England. I alle 11 kampene har spilleren fra Bury vært med fra start, men det engelske landslaget har ennå ikke hatt en kaptein som representerte Bury på klubbnivå.
