Bury ble stiftet på Old White Horse Hotel, Fleet Street, Bury den 24. april 1885. Klubben var med på å starte Lancaster League i 1889. I deres første år i The Football League vant de 2. divisjon og etter å ha slått Liverpool i den avgjørende kampen.
Dette var starten på den mest suksessrike tiden i Bury sin historie, og de ble værende i toppdivisjonen fram til 1912. Høydepunktene i denne perioden var imidlertid triumfene i FA-cupen, der de vant både i 1900 og 1903. Finaleseieren på 6–0 over Derby County er fortsatt den største seieren i denne turneringen.
Fra 1885 til 2005 har Bury hatt seks engelske landslagsspillere. Til sammen har disse spilt 11 kamper, og scoret syv mål for England. I alle 11 kampene har spilleren fra Bury vært med fra start, men det engelske landslaget har ennå ikke hatt en kaptein som representerte Bury på klubbnivå.
