Eierne av Earthquakes, AEG, ville i 2006-2007 få solgt laget eller flytte dem til en by med et mer lukrativt marked. De siste årene hadde publikumssnittet gått betraktelig ned, og eierne var mest interessert i å flytte klubben til Houston. Dette ble gjort og Earthquakes forsvant fra ligaen og ble til det som i dag er Houston Dynamo. I 2008 kom Earthquakes tilbake til MLS som et expansion-lag (nytt lag i ligaen).
San Jose Earthquakes var også navnet på en fotballklubb som eksisterte mellom 1974 og 1984.
