Airdrie United ble stiftet i 2002 etter at Airdries tidligere ligaklubb Airdrieonians hadde gått konkurs. Airdrieonians hadde blitt nummer 2 i First Division (nivå 2) våren 2002, men måtte gi opp på grunn av en gjeld på neste 3 millioner pund. Den nye klubben ønsket å ta over Airdrieonians' plass i Scottish Football League, men i stedet ble Gretna FC valgt inn. Airdrie United kjøpte så opp ligaklubben Clydebank FC, som spilte i Second Division. Airdrie United flyttet hele Clydebank FC til Airdie, og tok over deres plass i ligaen. Clydebank FC ble for øvrig nystiftet i 2003, og spiller nå på lavere, regionalt nivå.
Airdrie United tok på mange måter over der Airdrieonians slapp, selv om den nye klubben startet en divisjon lavere enn den gamle klubben hadde spilt i. Den nye klubben overtok Airdrieonians' relativt nybygde bane Excelsior Stadium, og spilte seg opp igjen i First Division i løpet av to år. Klubben dukket ned i Second Division igjen i en sesong, men er fra høsten 2008 tilbake i First Division.
