Substantia nigra (Latin: "den svarte substans") eller locus niger er et heterogent område i mesencephalon, som adskiller pes fra tegmentum, og er en viktig del av basalgangliene. Den består av to markant forskjellige områder, pars compacta og tilliggende områder med dopaminergenevroner, og en annen gruppe som utgjøres av pars reticulata og pars lateralis. Den siste gruppen, sammen med globus pallidus utgjør kjernen i basalgangliene.
Selv om anatomien er intrikat og knyttet til hverandre, er de to gruppene anatomisk og funksjonelt adskillelige.
Pars compacta inneholder nevroner som hos mennesket har fargen sort, p.g.a. pigmentnevromelanin som tiltar med alderen. Denne pigmenteringen kan ses som en distinkt svart stripe i hjernesnitt, og er opphavet til navnet som er gitt til dette området i hjernen. Nevronene i dette området har spesielt lange og tykke dendritter (François et al.).
