Nextstrain
Nextstrain er et samarbeid mellom forskere i Seattle i USA[1] og i Basel i Sveits[2] som stiller til rådighet en samling av open-source-verktøy for visualisering av genetikken bak spredningen av virusutbrudd.[3]
Målsettingen er å støtte opp om offentlige helsetiltak og -overvåking ved å styrke forståelsen av spredning og utvikling av patogener. Nextstrain-plattformen ble lansert i 2015.[2] Koding utviklet av Nextstrain fjørst alment tilgjengelig via for eksempel github.com og data er tilgjengelig of synliggjort på brukervennlig måte på nettsiden.[4]
Bruksområder[rediger | rediger kilde]
Nextstrain-teamet tar sikte på å være oppdatert medgenomanalyser av de følgendepatogener:[5]
- Dengue
- Enterovirus D68
- Fugleinfluensa
- Kusma
- Meslinger
- SARS-CoV-2 - der resultatene er blitt benyttet etter covid-19-pandemiens utbrudd i 2020.[6][7]
- Sesonginfluensa
- Tuberkulose
- Vestafrikansk Ebola 2013-16
- Vestnilfeber
- Zikafeber
Referanser[rediger | rediger kilde]
- ^ Richards, Sarah Elizabeth (26. mars 2020). «How coronavirus mutations can track its spread—and disprove conspiracies». www.nationalgeographic.com. Besøkt 25. desember 2020.
- ^ a b «Spread of a novel SARS-CoV-2 variant across Europe in summer 2020». www.unibas.ch. 29. oktober 2020. Besøkt 25. desember 2020.
- ^ Reza, Nosheen (6. april 2020). «nextstrain RNA, DNA, and COVID-19]». earlycareervoice.professional.heart.org. Besøkt 25. desember 2020.
- ^ «Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution (Volume 34, Issue 23, , 1. desember 2018, Pages 4121–4123,». academic.oup.com/bioinformatics. Bioinformatics. 22. mai 2018. doi:10.1093/bioinformatics/bty407. Besøkt 25. desember 2020.
- ^ «Nextstrain Real-time tracking of pathogen evolution Section 'Explore pathogens». nextstrain.org. Besøkt 26. desember 2020.
- ^ Drake, John (19. desember 2020). «The Science Behind London’s Christmas Coronavirus Lockdown». www.forbes.com. Besøkt 25. desember 2020.
- ^ Hodcroft, Emma B.; Zuber, Moira; Nadeau, Sarah; Comas, Iñaki; González Candelas, Fernando; Stadler, Tanja; Neher, Richard A. (28. oktober 2020). «Emergence and spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020». www.medrxiv.org. doi:10.1101/2020.10.25.20219063. Besøkt 10. mars 2021.