Reverse transcription polymerase chain reaction
RT-PCR eller Reverse transcription polymerase chain reaction (eller Reverse transcriptase PCR (mulig norsk form: PCR med omvendt transkripsjon) er en teknikk innen molekylærbiologien. RT sikter til enzymet omvendt transkriptase, som kan bygge DNA ut ifra en forbilde laget av RNA. Først syntetiserer man cDNA ved hjelp av dette enzymet, så bruker man dette som utgangsmateriale for en vanlig PCR. Teknikken er vanlig for å undersøke genuttrykk på RNA-nivå.
Med visse modifiseringer kan teknikken brukes til å måte mengder av mRNA tilsvarende et spesielt gen. En slik metode er kvantitativ direktanalysert PCR (på engelsk quantitative real-time PCR). Iblant benyttes forkortelsen RT-PCR for real-time PCR (qPCR), noe som imidlertid anses som feilaktig.
RT-PCR sikter til Reverse Transkriptase-PCR, og ikke Realtids-PCR, idet det sistnevnte er en kvantitativ analyse for å undersøke hvor meget av den aktuelle DNA-sekvensen som prøven opprinnelig inneholdt.
[rediger | rediger kilde]
I forbindelse med koronaviruspandemien i 2020 er RT-PCR-testing blitt en vanlig metode for å undersøke om en person er smittet av viruset som kan føre til covid-19. Testen er sensitiv, men bør betraktes som et øyeblikksbilde som bare fanger opp virusnivået da prøven ble samlet. Resultatet av en negativ PCR-test er derfor tvetydlig siden det kan bety at man er frisk, eller at testen ble tatt etter smitte, men før man utviklet et utslagsgivende virusnivå. RT-PCR er (per august 2020) den mest pålitelige diagnostiske test som benyttes for 2019-koronaviruset.[1] Den er gjennomgående av høy sensitivitet og spesifisitet i laboratoriesituasjon. Skjønt i én studie falt sensitiviteten til 66-88 % klinisk.[2]
I én studie var sensitiviteten høyest ved uke én (100 %), fulgt av 89,3 %, 66,1 %, 32,1 %, 5,4 % og null frem til uke seks.[3][4] En nederlandsk CDC-ledet laboratoreundersøkelse sammenlignet 7 kommersielle PCR-testesett.[5] Testesett fra BGI Group, R-Biopharm AG, KH Medical og Seegene oppviste høy sensitivitet.[6] Høysensitivs testesett anbefales for å vurdere personer som er uten symptomer, mens tester av lavere sensitivitet er adekvate ved diognostosering av symptomatiske pasienter.[5]
Referanser[rediger | rediger kilde]
- ^ Chen, Lulu Yilun (16. mars 2020). «Heartbreak in the Streets of Wuhan». Bloomberg BusinessWeek. Besøkt 23. mai 2020.
- ^ «Comparing RT-PCR and Chest CT for Diagnosing COVID-19». HCPLive®. Arkivert fra originalen 23. mai 2020. Besøkt 23. mai 2020.
- ^ «Symptom-Based Strategy to Discontinue Isolation for Persons with COVID-19». Centers for Disease Control and Prevention (engelsk). 30. april 2020.
- ^ «Profile of RT-PCR for SARS-CoV-2: a preliminary study from 56 COVID-19 patients». Clinical Infectious Diseases. April 2020. PMC 7188124
. PMID 32306036. doi:10.1093/cid/ciaa460.
- ^ a b «Comparison of seven commercial RT-PCR diagnostic kits for COVID-19». Journal of Clinical Virology. 128: 104412. Juli 2020. PMC 7206434 . PMID 32416600. doi:10.1016/j.jcv.2020.104412.
- ^ «Chinese Covid-19 test kit outstrips alternatives in Dutch study». South China Morning Post (engelsk). 20. mai 2020. Besøkt 23. mai 2020.
Litteratur[rediger | rediger kilde]
- Cornel Mülhardt: Der Experimentator: Molekularbiologie/Genomics. Sechste Auflage. Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg 2008, ISBN 3-8274-2036-9.
- J. Sambrook, T. Maniatis, D. W. Russel: Molecular cloning: a laboratory manual. 3rd edition (2001), Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN 0-87969-577-3