Ilse Aigner (født 7. desember 1964 i Feldkirchen-Westerham, Oberbayern) er en tysk politiker (CSU). Hun har siden 2008 vært Tysklands minister for ernæring, landbruk og forbrukersaker.
Aigner er utdannet elektroingeniør. Hun har arbeidet i industrien, blant annet med utvikling av elektriske systemer for helikoptre.
Aigner ble i 1983 engasjert i Junge Union og ble i 1985 også med i Christlich-Soziale Union in Bayern. Hun var engasjert i lokalpolitikk og var fra 1994 til 1998 medlem av Landdagen i Bayern. Hun ble valgt til Forbundsdagen i 1998.
