Det afrikanske kvalifiseringssystemet bestod av tre omganger. Den første omgangen var en kvalifisering for de ti lavest rankede nasjonene, og fem av dem gikk videre til neste runde. I runde 2 ble lagene delt inn i tolv grupper á fire nasjoner, der det ble spilt som et vanlig gruppespill. De tolv gruppevinnerne pluss de åtte beste toerne tok seg videre til neste runde. I den siste runden ble de resterende lagene delt opp i fem grupper á fire lag, der de fem gruppevinnerne kvalifiserte seg til VM.
Kvalifiseringen var også kvalifisering for Afrikamesterskapet 2010 som gikk i Angola. De tre beste lagene i hver gruppe i runde 3 ble kvalifisert.
De ti lavest rangerte lagene i Afrika ble satt sammen ved loddtrekning. Etter trekningen trakk São Tomé og Príncipe og Den sentralafrikanske republikk, og dermed gikk de to høyest plasserte landene, Swaziland og Seychellene direkte videre til runde 2, og de resterende seks nasjonene ble sammensatt til tre nye kvalifiseringskamper