Pyrosekvensering: Forskjell mellom sideversjoner
Ny side: Pyrosekvenseringen er en metode for DNA-sekvensering, dvs. for å finne rekkefølgen av nukleotider i DNA og er basert på det såkalte "sequencing-by-synthesis" prinsippet. Teknologien... |
(Ingen forskjell)
|
Sideversjonen fra 16. sep. 2010 kl. 17:54
Pyrosekvenseringen er en metode for DNA-sekvensering, dvs. for å finne rekkefølgen av nukleotider i DNA og er basert på det såkalte "sequencing-by-synthesis" prinsippet. Teknologien ble utviklet av Mostafa Ronaghi på Royal Institute of Technology i Stockholm i 1996[1][2][3].
Detaljer
Metoden bruker som Sanger-sekvenseringen DNA-polymerase for syntesen av DNA-tråden. Forskjellen er at man kan se at DNA-polymerasen henger på enkelt nukleotider på en nysyntetisert DNA-tråd. Dette er omformet til en lysblits ved hjelp av enzymer[4].
Lysblitsene kan registreres, og hvert par av lysintensitet og nukleotid gir et såkalt "homopolymer run", der lengden er proporsjonal til lysintensiteten (f.eks. står paret [1,G] for enkeltnukleotiden G, og [3,A] for sekvensbiten AAA). Da lyssignaler har blitt observert i en fast rekkefølge («TACG»), kan sekvensen bli lest fra alle disse parene etter de har vært knyttet sammen (se eks.) Eksempel: Lysintensitetene for de første åtte nukleotider (T,A,C,G,T,A,C,G) gir verdier rundet til (1,0,2,2,3,0,0,1). Parene [T,1], [A,0], [C,2], [G,2], [T,3], [A,0], [C,0], [G,1] kan oversettes til sekvensen TCCGGTTTG.
På grunn av at nukleotidene er behandlet i en fast syklus, er feilmønster annerledes enn i Sanger sekvensering. Det kan skje at en flow verdi er høyre eller lavere enn den skulle være, noe som fører til en innsetting eller til en delesjon. En substitusjon kan bare skje når en innsetting følger direkte på en delesjon eller vice versa.
Kommersialisering
Firmaet Pyrosequencing AB i Uppsala, Sverige, kommersialiserte maskin og reagenter for å sekvensere korte biter av DNA ved bruk av pyrosekvensering teknikk. Pyrosequenicng AB ble omkalt til Biotage i 2003 og overtatt av Qiagen i 2008[5]. Så ble teknologien lisensert til 454 Life Sciences. 454 utviklet en array-basert pyrosekvenseringsteknikk som ble til en plattform for DNA-sekvensering i store sammenhengder, særlig for genom sekvensering og metagenomikk. 454 er i dag eiet av Roche Diagnostics.
Utvikling og Anvendelser
Pyrosekvenseringen er f.eks. brukt for å finne enkeltnukleotidpolymorfier (SNP, engelsk Single Nucleotide Polymorsphism) eller i metagenomikk. Mens metoden ikke ennå har vært brukt mye for sekvensering av hele genom på grunn av korte read lengder, blir det mer og mer et alternativ til Sanger-sekvensering. I Norge ble pyrosekvenseringen anvendt i prosjektet for å sekvensere torskens genom[6]. Read lengder utviklet seg fra omtrent 100-200 basepar i den første 454 generasjonen kalt GS20 (2005) til 300-400 basepar i GS FLX (2007) og står nå på omtrent 500 basepar i GS FLX Titanium versjonen (2008), sammenliknet med Sanger-sekvensering som produserer read lengder på 800 basepar.
Se også
Referanser
- ^ Ronaghi; Uhlén, M; Nyrén, P; m.fl. (17. juli 1998). «A sequencing method based on real-time pyrophosphate». Science. 281 (5375): 363363. PMID 9705713. doi:10.1126/science.281.5375.363.
- ^ Ronaghi; Karamohamed, S; Pettersson, B; Uhlén, M; Nyrén, P; m.fl. (1996). «Real-time DNA sequencing using detection of pyrophosphate release». Analytical Biochemistry. 242 (1): 84–8984. PMID 8923969. doi:10.1006/abio.1996.0432.
- ^ Nyrén, P. (2007). «The History of Pyrosequencing». Methods Mol Biology. 373: 1–14. PMID 17185753.
- ^ Margulies M, Egholm M, Altman WE; m.fl. (2005). «Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors». Nature. 437 (7057): 376–80. PMC 1464427
. PMID 16056220. doi:10.1038/nature03959.
- ^ Qiagen acquires biosystems business from Biotage. Qiagen press release, October 1st, 2008
- ^ http://codgenome.no The Cod Genome Project
Eksterne Lenker
Video om pyrosekvenseringen (engelsk):
Hjemmeside til 454 pyrosekvensering (engelsk):