Siden vinneren fra de siste sju år, Lance Armstrong, hadde lagt opp ble touren sett på som den mest åpne på lenge. Før løpet begynte ble mange syklister, deriblant Ivan Basso og Jan Ullrich, nektet å delta i Touren på grunn av en omfangsrik dopingskandale innenfor sykkelsporten (Operación Puerto). Laget til Alexandre Vinokourov, Astana-Würth, fikk så mange syklister kastet ut at hele laget trakk seg. Ingen av de fem beste fra Tour de France 2005 var altså med.
Floyd Landis vant sammenlagt, men testet positivt på doping under rittet (testosteron) og ble fratatt seieren i september 2007. Oscar Pereiro Sio som ble nummer to, og ble dermed den offisielle vinneren av Tour de France 2006.