Denne artikkelen mangler kildehenvisninger, og opplysningene i den kan dermed være vanskelige å verifisere. Kildeløst materiale kan bli fjernet. Helt uten kilder. (10. okt. 2015)
Byen ble grunnlagt under navnet Équateur av Henry Morton Stanley i 1883. Rådhuset i byen ligger 6.6 kilometer nord for ekvator. Pågrunn av beliggenheten på ekvator og langs elva Kongo var det planer om å anlegge kolonihovedstaden i Mbandaka. I 1886 forandret de belgiske kolonimyndighetene navnet til Coquilhatville som forble byens navn frem til 1966 da navnet ble forandret til Mbandaka til ære for en lokal leder.
