Klubben ble stiftet 1. juli1999 som en sammenslåing av klubbene Herning Fremad og Ikast FS, der begge på det tidspunktet befant seg i 1. divisjon. Allerede i sin første sesong rykket klubben opp i Superligaen med 6 poengs margin.
FC Midtjylland ble dansk mester i sesongen 2014/2015, og har mottatt sølv i Superligaen i 2006/07 og 2007/08, bronse i 2001/02 og 2004/05, og har deltatt i den danske cupfinalen to ganger. Disse finalene endte med nederlag, begge ganger mot Brøndby IF.
FC Midtjyllands offisielle supporterklubb er Black Wolves.
Cliff Crown
Thomas Thomasberg
Arne Sandstø
